Komisi Nasional Hak Asasi Manusia dan lembaga swadaya masyarakat Kontras menyatakan bahwa kasus-kasus pelanggaran HAM yang dilakukan aparat keamanan terhadap warga Papua harus diselesaikan melalui pengadilan. Penyelesaian kasus-kasus pelanggaran HAM tersebut ditengarai dapat membangun kepercayaan warga Papua terhadap pemerintah.
"Mereka ingin ada proses pengungkapan kasus-kasus pelanggaran HAM," ujar Ketua Komnas HAM, Ifdhal Kasim, dalam rapat dengar pendapat di Komisi I DPR RI, Jakarta, Rabu 16 November 2011.
Dengan kepercayaan yang sudah ada maka akan memudahkan dialog untuk menyelesaikan masalah Papua secara keseluruhan. Kekerasan maupun pelanggaran HAM yang tidak pernah terselesaikan, menurut Ifdhal, telah melukai perasaan masyarakat Papua sehingga memunculkan ketidakpercayaan terhadap pemerintah.
Wakil Ketua Komnas HAM Ridha Saleh menambahkan, berdasarkan data yang dimiliki pihaknya, pelanggaran HAM yang dilakukan aparat keamanan sudah terjadi sejak tahun 1969 hingga 2011. Pelanggaran HAM paling banyak terjadi dalam kurun waktu 1969 hingga reformasi 1998.
"Itu fase kekerasan yang sangat luar biasa. Ada 12 operasi militer. Operasi itu banyak menimbulkan korban, mulai dari pemerkosaan, pembunuhan, penyiksaan, penghilangan secara paksa, dan lainnya," kata Rida.
Meski sejak 2002 sudah ada perubahan pendekatan pengamanan di Papua yaitu dengan mengutamakan kepolisian, bukan lagi TNI, namun pola yang sama tetap dilakukan. Catatan Komnas HAM setidaknya ada 54 peristiwa kekerasan yang dilakukan aparat Kepolisian di Puncak Jaya dalam kurun waktu tahun 2002 hingga 2011.
"Ada dua di antaranya yang di-upload di YouTube yang sangat memilukan bagi warga Papua," kata Ridha.
Pelanggaran HAM terakhir, lanjut Ridha, yakni kasus Kongres Rakyat Papua III. Diduga terjadi kekerasan dan pelanggaran HAM oleh aparat keamananan terkait tiga peserta kongres tersebut menjadi korban karena tewas dengan kondisi mengenaskan. "Anehnya, aparat tuduh OPM yang melakukan. Di situ ada Koramil, tidak mungkin ada OPM," kata Ridha.
Koordinator Kontras, Haris Azhar, menyampaikan hal senada. Haris menyebutkan berdasarkan data yang dimiliki Kontras, dalam dua bulan terakhir setidaknya ada 63 warga Papua yang menjadi korban kekerasan dan pelanggaran HAM. "Ada yang mati, ada yang disiksa, ditahan semena-mena," kata Haris.
Menurut Haris, penyelesaian masalah Papua harus memasukkan aspek keadilan dan kesejahteraan bagi masyarakat Papua. "Ini semua menyangkut soal kepercayaan Papua terhadap Jakarta. Kembalikan kepercayaan itu dengan tindakan nyata. Kalau itu tidak bisa dibuktikan dengan menciptakan keadilan dan kesejahteraan, susah menahan aspirasi kemerdekaan mereka," kata Haris.
